Unterhalb der Iburg entstand der Flecken Iburg, der ursprünglich zur Pfarrei Glane gehörte. Die Kaufleute, die auf dem Weg von Osnabrück nach Münster im Schutz der Burg wohnten, spendeten für eine eigene kleine Kirche, die dem hl. Nikolaus, dem Patron der Kaufleute, geweiht wurde. Der Benediktinermönch, der auch für die Sakristei zuständig war, hielt in dieser Kirche den Gottesdienst. Darüber kam es zum Streit mit dem Pfarrer von Glane. Im Jahre 1255 ordnete Bischof Bruno die Zuständigkeiten und setzte die Pfarrgrenzen zwischen Iburg und Glane fest. Die heutige Fleckenskirche wurde nun die Kirche der neuen Pfarrei St. Nikolaus zu Iburg.
Die Nikolaus-Kirche ist die älteste Hallenkirche im Osnabrücker Land und wurde aus Sandstein errichtet, der im so genannten Benno-Steinbruch des Dörenbergs gebrochen wurde. Die mittelalterliche Kirche hatte Eingänge für Frauen (an der Nordseite) und für Männer (an der Südseite), die später zugemauert wurden.
Zur Ausstattung der Kirche gehört ein Taufbecken aus Bentheimer Sandstein, das im 13. Jahrhundert entstand. Die Skulptur „Anna Selbdritt“ (Anna, Maria und das Jesuskind) stammt aus der Zeit um 1515. Sie kommt aus dem Wallfahrtsort St. Annen (Schiplage) bei Melle, der von 1514 bis 1651 von Iburger Patres betreut wurde.Zur Innenausstattung der Kirche gehören drei Epitaphien des Bildhauers Adam Stenelt, mehrere Statuen (Nikolaus, König David, eine Schmerzhafte Mutter) sowie drei Altäre und die ehemalige Kommunionbank, aus welcher der heutige Altar zusammengefügt wurde.
Der Hochaltar der Fleckenskirche zeigt den heiligen Johannes den Täufer sowie den Mönchsvater Benedikt. Dieser Altar wurde aus Teilen eines früheren Hochaltars der Iburger Klosterkirche zusammengesetzt.
Nach der Aufhebung des Klosters Iburg wurde die frühere Klosterkirche St. Clemens der örtlichen Kirchengemeinde als Pfarrkirche überlassen. Endgültig ging sie 1836 in den Besitz der Pfarrei über. Somit wechselte auch der Name der Pfarrei: An Stelle des heiligen Bischofs Nikolaus wurde nun Papst Clemens von Rom der Patron der Gemeinde.
Die Fleckenskirche wurde zur Filialkirche und wird gern für die Werktags- oder Sondergottesdienste genutzt. Es gibt auch eine "Winterkirche" in den Monaten November bis März und eine "Sommerkirche" während der Sommerferien, in der die Gemeinde sich sonntags in der Fleckenskirche versammelt. Die Fleckenskirche ist tagsüber geöffnet.
Bis 1837 befand sich der Friedhof für die Einwohner des Fleckens um die Fleckenskirche. Seitdem wurden die Toten auf dem heutigen Alten Friedhof bestattet.
Patronatsfest der Kirche ist der 6. Dezember, der Gedenktag des Bischofs Nikolaus von Myra in der heutigen Türkei.
Kirchweihfest der Fleckenskirche ist der Sonntag nach dem Fest des hl. Ägidius (1. September).
Der jetzige Turm der Fleckenskirche wurde 1771 errichtet. Die letzte Eindeckung mit Schieferplatten erfolgte 1882. Im Jahr 2019 wurden umfangreiche Baumaßnahmen am Turm erforderlich, da die Schiefer-Eindeckung den Anforderungen nicht mehr genügte und die Verkehrssicherheit nicht mehr gegeben war. Die Bauarbeiten begannen im August 2019 und zogen sich mehrere Monate hin.